二、环境目标和管理方案的合理性
实施环境管理方案、控制重要环境因素、实现环境目标是EMS的运行主线，也是第二阶段审核评价EMS有效性的重要内容。因此，应通过第一阶段审核，使受审核组织环境目标和管理方案的合理性得到确定。但是，初次建立EMS的组织在制定环境目标和管理方案时免不了出现不符合标准要求的问题，如环境管理方案的针对性不强，与组织自身的重要环境因素脱节；环境目标内容空泛，仅限于污染物控制等，缺少实现目标的方法、措施，职责不明确等。审核组通过文件审查和第一阶段现场审核，应指出受审核方存在的问题并开具不符合报告（或问题清单），要求其修改相应文件，直到基本符合标准要求。否则，就会出现由于总体环境目标和管理方案不合理，导致各层次、各部门的目标和管理方案的失准，使第二阶段审核无法对环境绩效进行评价，也难以获取实现目标的审核证据，给EMS有效性评价带来困难。

三、问题改进的完整及适宜性
一般情况下，第一阶段审核应对组织的主要生产场所、动力装置场所、危险化学品库房、污染物治理设施、固体废物堆放场所及周边环境等存在重要环境因素的现场进行勘察。同时，也应对组织的生产状况（如班次安排、生产流程）、车间分布、地下管网分布以及与相关方的环境因素控制界面等了解清楚，并核查组织的有关证明材料、污染物监测报告等文件。如果组织准备不充分，缺少相关文件或漏测了项目，审核组应给组织留出补充和改进的时间，并要求其在第二阶段审核前提供补充文件和相关报告，从而避免第二阶段审核时出现不能满足标准要求，甚至不能满足法律法规要求的情况。
在第一阶段审核时，往往会发现组织存在较多问题，审核组开具不符合报告和问题清单时，应要求组织认真整改并提供证实材料。切忌在第一阶段审核发现的问题未闭环，特别是环境因素、法律与其他要求、目标和指标、环境管理方案、组织结构和职责、监测和测量等要素的文件尚存明显问题的情况下，匆匆进行第二阶段审核。