符合《欧洲有机法案》的其它有机肥料和矿物质肥料仅可补充使用。轮作中的固氮植物、绿肥植物和深根植物、有机农业动物源经济肥不能满足植物营养或不能保证满足需要时，才可补充使用。为了激活堆肥腐熟过程，保持与提高土壤肥力和生物活性，可以使用适合的植物源原料或非转基因微生物原料，也允许使用所谓的“生命活力添加剂”，其本质上为矿粉、动物源经济肥料或植物。使用需获得监控机构的认可。只要所涉成员国有规定，允许非转基因微生物原料普遍使用于农业，也可将它们用于改善土壤整体关系、改善土壤营养物质的吸收和植物生长。
    5  有机农业的植物保护
    必须优先使用病虫害综合防治措施治理病虫草害。具体措施有：适合植物种类和品种的选择；合理的轮作制；机械性的土壤处理；幼苗的焚烧；通过昆虫幼体的人工孵化，人工巢箱的悬挂，自然天敌的释放，创建合适生态关系，保护益虫，防治病虫害杂草。只有栽培植物存在着某种直接威胁，才允许使用《欧洲有机法案》中规定的产品。
    6  有机农业方式的野生植物采集
    在野外、森林、农用土地上自然出现的可食性野生植物及其部分器官的采集，也可作为有机农业生产范畴，需要满足下列要求：在相关植物采集时刻的前3年中，此土地上没有使用过未收录在《欧洲有机法案》的肥料和农药；采集活动不影响自然景观以及此物种在该地域的生存。
     7  有机农业食用菌栽培的培养剂要求
    允许使用的有机农业食用菌培养剂配制成份：来自有机农业生产实体的农产品（如秸秆）；非化学处理过的腐殖质；砍伐后未经化学处理的木料；收录在《欧洲有机法案》中的矿物质、水和土壤；来源于有机农业生产实体的厩肥、堆肥和动物粪尿；在上述产品不能供应的情况下，允许使用其它生产方式产生的厩肥、堆肥和动物粪尿，但它们需满足《欧洲有机法案》附件的相应要求[见9.5食用菌培养剂特例]，成分的最高重量百分比为25%（加水前所有培养剂的重量计算，覆盖物质除外）。
    8  有机农业植物生产的“转型”
    8.1  “转型”的一般内涵
    农业生产实体从常规农业转型从事有机农业的转型期中，必须遵守有机农业基本规程和相应的实施规定，只允许使用收录在《欧洲有机法案》的特定农药、肥料、土壤改良剂等，符合规定范围和使用方式。不允许使用转基因生物及其衍生物。
    种植土地的产品和牧地的饲料收获前至少经历两年转型期，多年生植物土地的有机农产品首次收获前至少需要3年。转型期最早始于：生产实体在监控机构登记生产活动并纳入监控操作程序的时刻。收获时转型时间至少为12个月的产品可以标注“有机农业转型期产品”。转型期后符合《欧洲有机法案》的有机农产品允许使用有机标志。